Prototype 2 - игра с видом от третьего лица, представляющая из себя научно-фантастический экшен с элементами RPG.
Главным героем сюжета является Джеймс Хеллер, солдат, семья которого погибла из-за распространившегося в Манхэттене вируса, результата действий протагониста первой части Алекса Мерсера. И главной нашей задачей по сюжету новой части стоит поиск и уничтожение его любой ценой.
Наш герой теперь, в подобии с Мерсером по первой части, способен изменять свою форму, обретая при этом какие-либо из личных качеств другого персонажа путем их поглощения. Причем, смене формы и приобретению личных качеств ныне придается повышенное тактическое значение.
В новой части Хеллер имеет возможность использования различного оружия, наподобие вырванной из танка пушки, также он способен скрытно приблизиться к врагу, инфицировать его вирусом и создать из него "БиоБомбу", способную разорвать любой объект или противника. Хеллер имеет повышенную силу, подвижность, способность к самоисцелению и гидролокации - подсветке определенных особенностей в окружающей среде, позволяющая упростить поиск чего-либо или кого-либо.