Сюжет игры разворачивается в конце 20 годов XX века. Формирование техники и науки привели к всеобщей "кибернетизации" общества. Почти каждый житель Земли смог в несколько раз увеличить собственные возможности путем вживления в собственное тело имплантов.

Однако за все нужно платить, и все жители Земли теперь попали в полную зависимость от транквилизаторов, которые нужно принимать регулярно, чтоб не произошло отторжения устройств, чужеродных организму.

В игре Deus Ex: игроку предстоит брать на себя роль главного героя Бэна, на плечи которого ложатся сразу много миссий. Ему необходимо проверить информацию, по которой у всех людей со вживленными имплантами существует угроза жизни. Еще нужно отыскать своих врагов, которые когда-то жестоко кинули его, полностью сломав ему жизнь.

С самого начала приключения игроку предстоит совершенствовать собственного персонажа, всякими способами модернизируя его спецвозможности и тело. Количество путей развития вправду огромное, можно становиться полностью невидимым, ускорять перемещения, усиливать зрение и физиологические возможности. Благодаря им можно разобраться с подразделением соперника, а присутствие еще и холодного, стрелкового оружия позволит противостоять многочисленной армии!