Время подобно воде, течёт по своему течению и не останавливается… Принц пережил очень страшные и в тоже время необычные события. В своё время он нашёл кинжал времени, с помощью которого, он мог отмотать время назад. В королевстве объявился предатель, который хотел забрать кинжал себе и использовать его в своих корыстных целях. Но в конце-концов наш герой смог отвоевать королевство и вернуть всё на свои места. Но он путешествует дальше, находя новые приключения, в королевстве своего брата Малика. Действие игры возвращает нас к тому самому Принцу Персии 2003 года, но при этом события происходят задолго до Prince of Persia: Warrior Within и The Two Thrones. Пробуждая древнее зло, Принцу придётся сражаться за спасение своей семьи и жизни горожан.